こんにちは manabu です。(^^)

＞ＤＢペインタでテーブルを開いて保存しても、カラム名の登録は増えませんでした。
＞（カラムの挿入／削除を連続して行なってから保存した。）

リポジトリを更新できるだけの権限はお持ちですか？
リポジトリを使用するように設定されていますか？

と、かいておきながら恐らく下記が問題でしょう。
「リポジトリ（ＰＢＣＡＴＴＢＬ）にテーブルの情報がないから」

ＰＢにリポジトリ情報を作成させるのであれば、いったんテーブルをドロップし、
ＤＢペインタでテーブルを作成しましょう。
＃ うわー面倒くさそう。(^^;)

＞また、HghtやWdth等、手動で入力する方法が分かりません。
＞（分かったとしても、ソフト作成者が常に接続先に対して設定する必要がありそうですね。）

ＤＢペインタでの作業をログに落としてあるとわかるのですが、
テーブル作成/修正時には、リポジトリテーブルにInsert/Update文が発行されるだけです。
ですから、自分でそれらSQL文を作成することも可能かと...

＃ 設定される値の詳細は、OnlineBookを参照されるといいと思います。

ではでは。