itigoさん、こんばんは。

CreateProcessを使用しているのでProcessIDは利用できると思いますそこで
外部関数として
FUNCTION UnsignedLong GetWindow (UnsignedLong hWnd,UnsignedLong uCmd) LIBRARY \"USER32.DLL\"
FUNCTION UnsignedLong GetTopWindow (UnsignedLong hWnd) LIBRARY \"USER32.DLL\"
FUNCTION Long GetWindowThreadProcessId(UnsignedLong hWnd,ref Long lpdwProcessId) 
LIBRARY \"USER32.DLL\"
宣言

先ほどのスクリプトを利用して記述してみると
(7/23ラグありそうなのでコメント修正)

unsignedlong GW_HWNDNEXT = 2
unsignedlong hWND
Long lpdwProcessId

OPEN(w_kidoutyu) // 【起動中…】テキストを張り付けたウィンドウのOPEN

CreateProcess(Null, アプリBのパス, Null, Null, False, 0, アプリBの格納パス, 
STARTINFO,PROCESS_INFORMATION)

if WaitForInputIdle(PROCESS_INFORMATION.hProcess,120000) = 0 then

  SetNull(hWnd)
  hWnd = GetTopWindow(hWnd)
Retry:
  DO WHILE hWnd <> 0
    YIELD() //もしOSに制御を渡したければこれも記載
　　  GetWindowThreadProcessId(hWnd,lpdwProcessId)
　　  IF lpdwProcessId = PROCESS_INFORMATION.dwProcessId THEN
　　　 　EXIT
　　  END IF
　　  hWnd = GetWindow(hWnd,GW_HWNDNEXT)
      IF hWnd = 0 THEN GOTO Retry //ﾘﾄﾗｲは何回にするか、決めた方がいいと思います
  LOOP
end if

ここで hWnd にハンドルが取得できているので状態監視ができると思います。
もっとも、ハンドルが取れているので、このまま
Close(w_kidoutyu)
でもいい気がします。