＞インストールビルダーで作った、インストールディスクの中のライブラリの一つに
＞バグが含まれていたので、そこを修正したいのです。

話を具体化＆単純化します。
 配布applicartionがひとつのEXEと複数のPBD fileで構成されていて、
 あるPBD fileにbugがあったので、そのPBDを修正して配布し直したい。

そのPBDだけを配布し直しても大丈夫かは、修正の度合いによります。
entryが増えたり減ったり、といった構成変更を伴う場合はEXEを作り直しが
必要で、scriptの一部を変更した、といった軽微な修正の場合はPBDを
作り直して配布すればいいのでは？

PBでbatch fileを作りたい、とのことですが、普通にfileopenしてfilewriteすれば
text fileが作れます。

質問内容が複雑で私には判りにくかったので、適当に解釈してみました。
外してたら、すみません。m(__)m